R でウィルコクソン符号順位検定

　アンケート結果に違いがあるかどうか、を調べる時、対応があって（同じ人の前後を調べているなど）、2群の場合にはウィルコクソン符号順位検定を使います。

　で、どうやるか、というのを「Rによるウィルコクソンの符号順位検定」を見ながらやってみました。

　まずは exactRankTests というパッケージが入っていない場合はインストールする。

install.packages("exactRankTests", repos="http://cran.ism.ac.jp/")

　で、データは 8人に、A薬とB薬を飲んでもらった時の、「効いた感じ」を 1〜4 の4件方で尋ねたときのcsvデータ、ABkouka.csv を用意しました。

前後しますが、その csv を kouka という変数に入れ書き出すとこんなの。

> kouka

no A B

1 1 1 3

2 2 2 4

3 3 3 4

4 4 2 2

5 5 1 3

6 6 3 4

7 7 2 3

8 8 2 3

で、有意水準を5%とした時

> library(exactRankTests)

> kouka <- read.csv(paste0(wd,"/ABkouka.csv"))

> wilcox.exact(x=ABkouka$A,y=ABkouka$B,paired=T,)

Exact Wilcoxon signed rank test

data:  ABkouka$A and ABkouka$B

V = 0, p-value = 0.01562

alternative hypothesis: true mu is not equal to 0

で、P値が 0.01562 となって有意差ありということになると。

ところがですね、参考にした記事に、95%信頼区間も出せるオプションがあるというのでやってみましたら

> wilcox.exact(x=ABkouka$A,y=ABkouka$B,paired=T,conf.int=T,conf.level=0.95)

Exact Wilcoxon signed rank test

data:  ABkouka$A and ABkouka$B

V = 0, p-value = 0.01562

alternative hypothesis: true mu is not equal to 0

95 percent confidence interval:

 -2 -1

sample estimates:

(pseudo)median 

         -1.25 

はてな？

信頼区間が -2 から -1 !?

なんでこんなことになるんだ？

ちなみに

> library(psych)
> describe(kouka[ ,2:3])

とすると

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

A 1  8 2.00  0.76  2 　　2.00 　　0.74  1 　3 　　2 　 0.00  -1.47 　0.27
B 2  8 3.25  0.71  3 　　3.25 　　0.74  2 　4 　　2 　 -0.27 -1.30 　0.25