１・字幕で●を入れる。
２・ピクチャー・イン・ピクチャーでグレーの１枚板かモザイク風のを入れる。
３・グリーン／ブルースクリーンエフェクト（よく番組などでも特殊撮影に使われるやつ）で円をつくりそれを動画の上に入れる。
１．は位置決めがむつかしいのと、全面的に白◯とか黒●とかの大きさが足りないのでダメ。
２．は形が16:9の四角しかダメなのでいまいちかなあ、と。
で
３．なんですが、結構簡単そう。
私の場合GIMP（お絵描きソフト・写真レタッチソフト）で16:9（実際には711:400に。これはiMovieの再生ウィンドウの大きさと同じ）の青一色のjpgファイルを作ります。何もない711:400のファイルにペンキ缶で青を注ぎ込めば一発。これを１つ元画像とします。
次に動画の隠したい部分と同じ位置にエアブラシで白をふきつける。そして適当な名前をつけて保存。例えば0001.jpg。こんなの。
で、この0001.jpgをiMovieのプロジェクトのウィンドウに並んだサムネイルの上にドラッグアンドドロップすると「何をするか」聞いてくる小ウィンドウが開きます。そこで「ブルースクリーンエフェクト」を選んでやるとばっちりです。
ただし、やってみると「あらま位置がずれてるやん」ということもありますが、これはだんだん慣れていくでしょう。
以前読んだFinal Cut Proを使うのより、簡単でコストもかからないような気がします。青の元画像さえ作っておけば、すぐ作れるし。
実際の作業は手間暇かかりますが、それでも「これならできる」と思えます。
実際にできた動画
自閉症のお子さんの表現コミュニケーションの獲得
追記
こちらの方がもっと工夫して下さってます。
【Mac】iMovie+GIMPで動画にモザイクをかける（1部分を隠す）
